Studenti na mezinárodním kurzu mapovali diverzitu mikrobů ve Středozemním moři
Ve dnech 13.-21. 11. proběhl v centru BIOCEV mezinárodní kurz organizovaný Univerzitou Karlovou, Varšavskou univerzitou a pařížskou Sorbonnou. 12 studentů ze zmíněných univerzit se na něm učilo metodu studia diverzity mikrobiálních společenstev v prostředí (takzvaný metabarcoding) s využitím sekvenačních platforem Illumina a Oxford Nanopore. Hlavním organizátorem kurzu byl vedoucí Laboratoře PřF UK v BIOCEVu doc. Mgr. Vladimír Hampl, Ph.D.
V laboratorní části studenti zpracovali 24 vzorků nasbíraných na různých místech a hloukách Středozemního moře a připravili z nich sekvenační knihovny. Během víkendu proběhla sekvenace s využitím genomické facility centra BIOCEV a podařilo se vygenerovat zhruba 5 milionů sekvenačních čtení. V následujích dnech studenti analyzovali získaná data, aby zjistili, že pochází ze zhruba 6000 druhů mikrobiálních eukaryot.
V individuálních projektech se studenti detailněji zaměřili na zkomání několika vybraných otázek: (i) Jak dobře obě použité sekvenační metody zachycují diverzitu v těchto prostředích, (ii) jak se liší skladba společenstev v různých hloukách, (iii-iv) a jak jsou v těchto prostředích zastoupeny a distribuovány dvě významé parazitické skupiny - Apicomplexa a Syndiniales. Průběžné výsledky prezentovali poslední den kurzu, ale analýzy těchto unikátních dat tím pravděpodobně nekončí.
"Jsem rád, že se nám podařilo uspořádat v BIOCEVu kurz tohoto typu a pozvat na něj experty ze dvou zahraničních univezit. Věřím, že byl přínosný pro všechy zúčastněné studenty i učitele, a jistě podpoří spolupráci mezi těmito pracovišti," říká Vladimír Hampl, hlavní organizátor a vedoucí laboratoře PřF UK v BIOCEV. Kurz se uskutečnil za finanční odpory univerzitního 4EU+ mini-grantu a firmy Avantor, hlavního sponzora celé akce.
